La FPEP est née, il y a une trentaine d'années, du désir des syndicats du secteur privé d'enseignement affiliés à la CSQ de se regrouper en une organisation représentant un même type de personnel, celui des établissements privés, ayant le même régime de négociation et les mêmes préoccupations au sein d'une plus large organisation possédant une expertise unique en éducation.